Si dentro de tus archivos de usuario no puedes modificar o cambiar los permisos de una carpeta o archivos, el motivo más común es por que son archivos o carpetas creadas desde php y apachem y por lo apache es el propietario de los archivos.
Para restaurar estos valores y que te permita hacer cambios, sigue estos pasos:
1) Loguearte en directadmin
2) Pulsar en el botón archivos situado arriba.
3) Acceder a la carpeta donde están los archivos en cuestión
4) Pulsar en el botón reset owner o mejor aún pulsar en el botón recursively, que recursívamente te podrá los archivos y carpetas a tu nombre.
Con estó estará solucionado y podremos modificar los archivos y permisos de nuevo.